Apesar de la gran variedad de síntomas el diagnóstico suele ser muy complicado y se requiere de meses e incluso años para poder realizarlo. Uno de los motivos es que no existe ninguna prueba diagnóstica específica para la enfermedad sino que se pueden realizar numerosas pruebas para poder descartar otras patologías similares, este tipo de diagnóstico sedenomina diagnóstico diferencial.
Hay que destacar que los enfermos de Behcetno desarrollan todos los síntomas pudiendo aparecer únicamente uno o dos a lo largo de su vida, además la intensidad de los síntomas puede ser muy diferente de unos enfermos a otros lo que complica aún más el diagnóstico. Para poder realizarlo se suele necesitar la aparición de varios síntomas y su repetición en varias ocasiones durante un año.
El tratamiento de la enfermedad es sintomático, es decir,sirve para paliarlos síntomas que produce la enfermedad pero no la enfermedad en sí. Así el tratamiento varia mucho dependiendo de los síntomas y de la intensidad de los mismos. Entre los medicamentos que se utilizan están los antiínflamatorios no esteroideos y corticoides que combaten las distintas inflamaciones que se producen, la colchicina que está comprobado que actúa directamente sobre los capilares y reduce la intensidad y el número de las aftas, anticoagulantes para evitar la aparición de trombos y distintosinmunosupresores que se utilizan para regular el sistema inmunitario.
En losúltimos años se están empezando a utilizar terapias más modernas obtenidas del estudio de otras enfermedades como son los tratamientos biológicos.
El diagnóstico suele ser complicado debido a la gran cantidad de síntomas, a la variedad de la intensidad de los mismos de unos enfermos/as a otros y a que no existe una prueba diagnóstica específica. Así el diagnóstico incluye una serie de pruebas dependiendo de los síntomas que se tengan y se realiza un diagnóstico diferencial con otras enfermedades como la aftosis oral recidivante, la estomatitis aftosa recurrente, el síndrome de Reiter, la enfermedad de Crohn, la colitis ulcerosa, la sarcoidosis o la esclerosis múltiple.